Болотное возникло в 1805 году как село на Московском тракте и получило название от реки Болотной. Через него шла дорога на Барнаул. В 1896 году через Болотное прошла линия Транссибирской железной дороги. В 1912 г., вместе с укладкой второго пути, построена железнодорожная станция Болотная, что и дало толчок развитию поселка. В 1934 году построено паровозное депо, в 1936 году заработал молкомбинат. В 1941 году в Болотное эвакуирована швейная фабрика. В 1943 году село получило статус города. В 1958 году паровозное депо преобразовано в вагонное и теперь занимается подготовкой цистерн под налив на станции Сокур, капитальным ремонтом цистерн и вагонов.