Основан в 1716 году как острог служилыми людьми Петра I. Постепенно военное поселение превратилось в торговое село, поставляющее хлеб для городов Сибири. Значительное развитие получили мукомольный и кустарные промыслы. Крупнейшим предприятием была мельница купца В. А. Горохова, на которой вырабатывалась мука высокого качества, значительную часть ручного труда заменяли машины, а производительность достигала 5,5 млн пудов в год. В 1913 году в 8 км от села прошла железная дорога, соединившая Новониколаевск с Барнаулом. Во время войны в Бердск были эвакуированы заводы из Бердянска и Харькова, на их основе начала формироваться промышленность города. Городом Бердск стал в 1944 году. В связи со строительством Новосибирской ГЭС значительная часть города перенесена на новое место, ближе к железной дороге, что дало толчок к его росту. Пик развития пришелся на 1980-е годы, когда на полную мощность работали гигант радиопромышленности Бердский радиозавод (впоследствии «Вега»), одно из крупнейших предприятий российского военно-промышленного комплекса — Бердский электромеханический завод (БЭМЗ), завод биологических препаратов, экспериментальный завод СО АН СССР. Кризис в экономике в начале 1990-х годов подкосил градообразующие предприятия. Но вместо них пришло множество других, более мелких, но способных работать в рыночных условиях. Сейчас в Бердске производят отделочные материалы, шьют обувь, разливают напитки и производят продукты питания, по-прежнему выпускают замечательные электробритвы. В окрестностях Бердска расположено более 20 санаториев, домов отдыха, профилакториев, 19 детских оздоровительных центров. За последние годы их популярность резко возросла.