Рабочее название «Академгородок» приобрело мировую известность еще на стадии проектирования и строительства города ученых. По сути, Академгородок сформировал образ Новосибирска как крупного научного и интеллектуального центра. Идея создания на востоке страны научного центра, который мог бы по масштабам и способностям сравниться с известными центрами в европейской части страны, принадлежит академикам М. А. Лаврентьеву, С. А. Христиановичу, С. Л. Соболеву.

18 мая 1957 года Совет министров СССР принял постановление «Об организации Сибирского отделения АН СССР». Решением Президиума АН СССР 7 июля 1957 года в состав СО АН СССР организованы 10 институтов. Председателем СО АН избран академик М. А. Лаврентьев, заместителями — академик С.А. Христианович и профессор Т. Ф. Горбачев. 2 ноября 1957 года общее собрание Академии наук обсудило вопросы организации Сибирского отделения. М. А. Лаврентьев вынес на обсуждение проект новосибирского городка, «а также некоторые предварительные соображения по созданию институтов второго научного центра в районе Иркутска и других институтов и учреждений Отделения». Стратегические принципы организации городка науки М. А. Лаврентьев излагал так:

— комплексность: «если раньше было много достаточно замкнутых областей, то сейчас все перемешалось — особую роль приобрела математика, но вместе с тем сами математики уже не могут обходиться без радиотехники, без физики твердого тела»;

— фундаментальность исследований: «новые институты должны быть созданы для разработки главнейших новых перспективных направлений науки и техники»;

— опора на молодежь: «нельзя работать без постоянного притока молодежи»;

— практическая реализация научных идей: «всякое научное достижение удесятеряет свою ценность при быстром внедрении в народное хозяйство».

— информационная база: «нельзя работать без хорошей библиотеки. Надо быстро издавать выходящие работы, а для этого нужны хорошие издательства, типография»;

— удобство и привлекательность научного центра: «здесь должно быть все — научные институты, жилые дома, опытный завод, Дом ученых, гостиница, кино, школы, ясли, больничный городок». Позже эти краеугольные принципы в концентрированном виде: Наука — Внедрение — Подготовка кадров, — получили известность как «треугольник Лаврентьева». Реализация этих принципов, привлечение в Новосибирск выдающихся ученых с их учениками, выбор актуальных направлений исследований, создание системы подготовки кадров, крупные капиталовложения — все эти факторы определили высокие темпы становления и развития Академгородка.

Генеральный план застройки городка был утвержден летом 1958 года, но оставался предметом оживленных дискуссий. В горячих обсуждениях утвердился главный композиционный замысел новостройки — сквозная кольцевая магистраль с выходами на Бердское шоссе, зоны институтов и жилых микрорайонов, широкая защитная полоса соснового бора между шоссе и жилой застройкой. Авторы генплана — новосибирский архитектор А. Михайлов и ленинградцы И. Орлов, М. Белый, А. Попов-Шаман.

В июле 1959 года государственная комиссия приняла в эксплуатацию первое «академическое» здание — главный корпус Института гидродинамики. В октябре Новосибирск посетил первый секретарь ЦК КПСС, Председатель Совета министров СССР Н. С. Хрущев. В Академгородке он осмотрел институт гидродинамики, познакомился с выставкой первых достижений научного центра. После его резкой критики строительства Академгородка из проекта генплана исчезли дома высокой этажности, а на их месте сооружались 4- и 5-этажные дома из сборных панелей. М. А. Лаврентьев писал об архитектуре Академгородка: «Выдающихся шедевров архитектуры у нас нет — практически все жилые и институтские здания построены по типовым либо повторным проектам. Внешний вид нас не особенно волновал, мы делали ставку не на уникальные здания, а на уникальных людей с новыми идеями».

Сегодня СО РАН имеет Иркутский, Бурятский, Якутский, Томский, Кемеровский, Тюменский, Омский и Красноярский научные центры. В 1994 году работало около 90 научных учреждений (в том числе 80 научно-исследовательских институтов), вычислительные центры, конструкторские бюро, опытный завод, около 90 станций. Среди научных работников 44 академика, 57 членов-корреспондентов РАН. В состав Новосибирского научного центра входит около 30 научно-исследовательских и 5 конструкторско-технологических институтов. Большая часть их расположена в Академгородке, 4 — в центре Новосибирска.